Skip to content

SEMINARI: ANÁLISIS DE DATOS ÓMICOS: METAGENÓMICA Y TRANSCRIPTÓMICA (RNASEQ). ANDREU PAYTUVÍ y RICCARDO AIESE CIGLIANO (SEQUENTIA-BIOTEC)

When
Mar 19, 2018 from 04:00 PM to 06:00 PM (Europe/Madrid / UTC100)
Where
AULA MAGNA. FACULTAT DE BIOLOGIA-UNIVERSITAT DE BARCELONA (Avda Diagonal 643, Barcelona, Metro Palau Reial)
Contact Name
Add event to calendar
iCal

Organitza: grup de recerca BIOST3

http://www.fbg.ub.edu/investigadors/grups-recerca-ub/estadistica-clinica-biodiversitat/

Programa:

Presentació del curs d'expert universitari DATA SCIENCE (CIÈNCIA DE LES DADES): APLICACIONS A LA BIOLOGIA I A LA MEDICINA AMB PYTHON I R (Maig-Juliol 2018)
Seminari d'Anàlisi de dades òmiques
Impartit per: ANDREU PAYTUVÍ i RICCARDO AIESE Cigliano-Sequentia-BIOTEC

OMIC ANALYTICS: El constant augment en la generació de dades òmics i el desenvolupament de tecnologies que permetin la seva anàlisi han fet que l'interès per estudiar simultàniament dades procedents de diferents tècniques òmiques sigui cada vegada més gran, amb el propòsit de conèixer les relacions subjacents entre ells . Són especialment rellevants els avenços en metagenòmica (Ex. Projectes MetaHit o HMP) i transcriptòmica. Per a això es requereixen eines computacionals que puguin adaptar-se a l'anàlisi d'una gran quantitat de dades, cada vegada més complexos, reduint al seu torn la complexitat dels mateixos i facilitant així la seva interpretació. És per això que s'estan desenvolupant eines combinades o "pipelines" que permeten facilitar l'anàlisi bioinformàtics i estadística de les dades òmics com ara GAIA i AIR, dues de les millors existents actualment i que es presenten en aquest seminari

Transcriptòmica

Seqüenciació massiva per RNA-seq
Aplicacions d'anàlisi transcriptòmics
Identificació de gens diferentment expressats a través de RNA-seq
AIR: RNA-seq anàlisi suite en el núvol
Metagenòmica

Definició i aplicacions
Mètodes experimentals i bioinformàtics
Amplicon-based metagenòmica
Shotgun metagenòmica
Mida de la mostra
GAIA: suite metagenòmica en el núvol
Links d'interès:

Gaia: https://metagenomics.sequentiabiotech.com/shared/TaskFlow/668d3196-0fa6-4721-90b5-53eccd47730c/faa84fe7-a84a-41f1-bf62-a97fc861ebb0

AIR: https://transcriptomics.sequentiabiotech.com/shared/TaskFlow/1106734a-0beb-4807-afb1-642b934e9768/demo
Càlcul de la grandària mostral en metagenòmica, desenvolupat per BIOST3 i implementat a GAIA: https: //metagenomics.sequentiabiotech.com/shared/Task/0859ab31-b0eb-4415-92a3-5c75554407f1/faa84fe7-a84a-41f1-bf62-a97fc861ebb0

 

INFORMACIÓ DE CONTACTE: amonleong@ub.edu